განავლის ბაქტერიოლოგიური გამოკვლევა აუცილებელია დიარეული ინფექციების გამომწვევი ბაქტერიების იდენტიფიცირებისთვის. კვლევა ტარდება მწვავე ან ხანგრძლივი დიარეის, ცხელების, მუცლის ტკივილისა და სისხლიანი განავლის შემთხვევაში და მნიშვნელოვანია ინფექციის გამომწვევის ზუსტად განსაზღვრისთვის.

კვლევის ფარგლებში შესაძლებელია შემდეგი ბაქტერიების გამოვლენა:

• Campylobacter - ინფექცია ხშირად გადაეცემა უმი ან არასაკმარისად მომზადებული ფრინველის ხორცის, ასევე დაბინძურებული საკვების (ზღვის პროდუქტები, ხორცი, ბოსტნეული) მიღებისას.
• Salmonella spp. - ინფიცირება ხდება უმი ან ცუდად მომზადებული ხორცის, ფრინველის ხორცის, კვერცხის ან კვერცხის პროდუქტების მიღებისას. ინკუბაციის პერიოდი შეადგენს 6 საათიდან 6 დღემდე.
• Shigella - იწვევს სისხლიან დიარეას და ძირითადად გადაეცემა ინფიცირებული საკვების ან წყლის მიღების გზით.
• Escherichia coli - გადაეცემა დაბინძურებული წყლით ან საკვებით, განსაკუთრებით უმი ბოსტნეულითა და არასაკმარისად მოხარშული საქონლის ხორცით. განსაკუთრებული კლინიკური მნიშვნელობა აქვს E. coli O157:H7 შტამს, რომელმაც მცირეწლოვან ბავშვებსა და ხანდაზმულებში შესაძლოა გამოიწვიოს მძიმე გართულებები, მათ შორის თირკმლის უკმარისობა.
• Yersinia enterocolitica - გადაეცემა დაბინძურებული საკვებით, განსაკუთრებით უმი ან ცუდად მოხარშული ღორის ხორცით.

ბაქტერიული აგენტის გამოვლენის შემთხვევაში, მიღებულ კულტურაზე ტარდება ანტიბიოტიკების მიმართ მგრძნობელობის ტესტი (ანტიბიოტიკოგრამა), რის საფუძველზეც ექიმი არჩევს შესაბამის ანტიბიოტიკოთერაპიას.