საშო შეიცავს ნორმალურ ფლორას (სასარგებლო ბაქტერიებს). სხვადასხვა ინფექციის დროს საშოს ფლორაში სასარგებლო ბაქტერიების ბალანსი ირღვევა და ჭარბობს ინფექციის გამომწვევი ბაქტერიების რაოდენობა. ვაგინალური ნაცხის მიკროსკოპია მიჩნეულია პირველად გინეკოლოგიურ გამოკვლევად დისბიოტური დარღვევების, ვაგინიტებისა და ვაგინოზების დიაგნოსტიკისთვის (ქალის ინდივიდუალური ფიზიოლოგიური ნორმის ფარგლების ცვალებადობის გათვალისწინებით). ვაგინალური არედან აღებული ნაცხის მიკროსკოპული გამოკვლევა ტარდება ვაგინიტების ან სხვა ანთებითი და ჩირქოვანი პროცესების გამომწვევი მიზეზის დასადგენად. ვაგინიტი არის საშოს ლორწოვანი გარსის ანთება. ბაქტერიული ვაგინოზის გამომწვევი მიზეზია საშოს ფლორის დისბალანსი. გასათვალისწინებელია კანდიდოზური ვაგინიტი, რომელიც საშოს ფლორაში სოკოს გამრავლებით არის გამოწვეული, რასაც საფუძვლად უდევს ფლორის დისბიოზი.

პროსტატის სეკრეტის მიკროსკოპული კვლევა ტარდება პროსტატიტის, უნაყოფობის ან განმეორებადი საშარდე გზების ინფექციების შეფასების მიზნით. პათოლოგიური შედეგები შეიძლება მიუთითებდეს პროსტატის ინფექციაზე, ანთებაზე ან პროსტატასთან დაკავშირებულ სხვა მდგომარეობებზე, რომლებიც საჭიროებენ დამატებით კლინიკურ შეფასებას და შესაბამის მკურნალობას

ურეთრალური ნაცხის მიკროსკოპული კვლევა, რომელიც ტარდება ურეთრის ნაცხის გრამის წესით შეღებვის მეთოდით, წარმოადგენს დიაგნოსტიკურ ტესტს მამაკაცებში საშარდე მილისა და შარდის ბუშტის ბაქტერიული ინფექციების გამოვლენისათვის. აღნიშნული კვლევა ეფექტურია გონორეის, ასევე სხვა ბაქტერიული ეტიოლოგიის ინფექციების დიაგნოსტირებისთვის.