ALK-ის ტრანსლოკაციის განსაზღვრა ქსოვილში ფლუორესცენტული in situ ჰიბრიდიზაციის (FISH) მეთოდით არის ციტოგენეტიკური კვლევა, რომელიც გამოიყენება ANAPLASTIC LYMPHOMA KINASE (ALK) გენის (მდებარეობა 2p23) რეარანჟირების გამოსავლენად სიმსივნურ ქსოვილში.

ALK გენის ტრანსლოკაცია არის სამკურნალოდ მნიშვნელოვანი მოლეკულური ცვლილება რამდენიმე მალიგნიზაციაში: ფილტვის არაპატარაუჯრედოვან კიბოში (NSCLC, განსაკუთრებით ადენოკარცინომაში - ~3-7%-ში, ხშირად EML4 პარტნიორთან), ანაპლასტიკურ დიდუჯრედოვან ლიმფომაში (ALCL), ანთებით მიოფიბრობლასტურ სიმსივნეში (IMT) და სხვა.

ფილტვის კიბოში ALK-ის რეარანჟირება წარმოადგენს პროგნოზირებად ბიომარკერს ALK-ის ინჰიბიტორების (კრიზოტინიბი, ალექტინიბი, ბრიგატინიბი, ლორლატინიბი) მკურნალობის მიმართ. ALK-ის მუტაცია ხშირად გვხვდება ახალგაზრდა პაციენტებში, არამწეველ ან მცირე მწეველ პირებში, ადენოკარცინომის შემთხვევებში, სპეციფიკურად ბეჭდიან უჯრედოვან ან აცინოზურ ჰისტოლოგიურ ტიპებთან ერთად.

FISH მეთოდი, „break-apart“ ტიპის ზონდით, ავლენს ALK გენში ტრანსლოკაციას, მიუხედავად პარტნიორი გენისა - რაც არის მისი მთავარი უპირატესობა, რადგან პარტნიორები მრავალფეროვანია (EML4 არის ყველაზე ხშირი, თუმცა შესაძლოა იყოს KIF5B, TFG და სხვა).

FISH ითვლება ALK-ის რეარანჟირების გამოვლენის „ოქროს სტანდარტად“, განსაკუთრებით პათოჰისტოლოგიური და იმუნოჰისტოქიმიური კვლევის (IHC) გვერდით, დიაგნოზის დადასტურებისა და თერაპიის შერჩევის მიზნით.

BCL2-ის ტრანსლოკაციის განსაზღვრა ქსოვილში ფლუორესცენტული in situ ჰიბრიდიზაციის (FISH) მეთოდით არის ციტოგენეტიკური კვლევა, რომელიც გამოიყენება BCL2 გენის (მდებარეობა 18q21) რეარანჟირების გამოსავლენად ლიმფოციტურ სიმსივნურ ქსოვილში.

BCL2 გენი კოდირებს ანტიაპოპტოზურ ცილას, რომელიც უჯრედების პროგრამირებული სიკვდილის (აპოპტოზის) ინჰიბიციას ახდენს. მისი პათოლოგიური მუდმივი ექსპრესია, გამოწვეული t(14;18)(q32;q21) ტრანსლოკაციით - რომელიც BCL2 გენს იმუნოგლობულინური მძიმე ჯაჭვის (IGH) გენის რეგულატორული ელემენტების კონტროლს უქვემდებარებს - იწვევს B-ლიმფოციტების აპოპტოზის შეფერხებას და მათი გადაქცევას სიმსივნურ უჯრედებად.

BCL2 რეარანჟირება არის ფოლიკულური ლიმფომის (Follicular Lymphoma, FL) დამახასიათებელი მარკერი - შემთხვევათა 80-90%-ში ვლინდება t(14;18) ტრანსლოკაცია. მას ასევე უდიდესი მნიშვნელობა აქვს დიფუზური დიდუჯრედოვანი B-უჯრედოვანი ლიმფომის (DLBCL) მოლეკულურ ტიპიზაციაში - MYC-ის რეარანჟირებასთან ერთად, BCL2 ან BCL6 რეარანჟირება იძლევა „ორმაგი დარტყმის“ ან „სამმაგი დარტყმის“ ლიმფომის (double-hit / triple-hit) დიაგნოზს, რომელიც ხასიათდება არასახარბიელო პროგნოზით და საჭიროებს უფრო ინტენსიურ თერაპიულ მიდგომას.

FISH მეთოდი, „break-apart“ ან „dual-fusion“ ტიპის ზონდით, ითვლება BCL2 რეარანჟირების გამოსავლენად ყველაზე ეფექტიან და მგრძნობიარე მეთოდად, PCR-ის მეთოდთან შეადარებით, რომელიც ხშირად ცრუ უარყოფით შედეგებს იძლევა BCL2 გადასვლის წერტილების ჰეტეროგენულობის გამო. ჯანდაცვის მსოფლიო ორგანიზაციის (WHO) კლასიფიკაცია რეკომენდებს DLBCL-ის ყველა შემთხვევის ტესტირებას BCL2, BCL6 და MYC რეარანჟირებებზე.

BCL6-ის ტრანსლოკაციის განსაზღვრა ქსოვილში ფლუორესცენტული in situ ჰიბრიდიზაციის (FISH) მეთოდით არის ციტოგენეტიკური კვლევა, რომელიც გამოიყენება B-CELL LYMPHOMA 6 (BCL6) გენის (მდებარეობა 3q27) რეარანჟირების გამოსავლენად ლიმფოციტურ სიმსივნურ ქსოვილში.

BCL6 გენი კოდირებს ტრანსკრიპციულ რეპრესორ ცილას, რომელიც აუცილებელია გერმინალურ ცენტრში (GC) B-ლიმფოციტების დიფერენციაციისა და ფუნქციისთვის. მისი პათოლოგიური რეარანჟირება - ხშირად სხვადასხვა პარტნიორ გენებთან (მრავალფეროვანი, მათ შორის IGH, IGL, IGK, TTF, IKAROS და სხვა) - იწვევს BCL6-ის ცილის მუდმივ ექსპრესიას და B-ლიმფოციტების პათოლოგიურ პროლიფერაციას.

BCL6 რეარანჟირება არის დიფუზური დიდუჯრედოვანი B-უჯრედოვანი ლიმფომის (DLBCL) ერთ-ერთი ყველაზე ხშირი ქრომოსომული აშლილობა - შემთხვევათა დაახლოებით 20-30%-ში. იგი ასევე გვხვდება ფოლიკულური ლიმფომის ტრანსფორმაციისას DLBCL-ში, გერმინალური ცენტრიდან წარმოშობილი B-უჯრედოვანი ლიმფომების ქვეტიპებში და, უფრო იშვიათად, სხვა ლიმფოპროლიფერაციულ სიმსივნეებში.

BCL6-ის რეარანჟირების უდიდესი კლინიკური მნიშვნელობა უკავშირდება „მაღალი ხარისხის B-უჯრედოვანი ლიმფომის MYC-სა და BCL2 და/ან BCL6 რეარანჟირებით“ - ე.წ. „ორმაგი დარტყმის“ (double-hit) ან „სამმაგი დარტყმის“ (triple-hit) ლიმფომის ცნებას, რომელიც ჯანდაცვის მსოფლიო ორგანიზაციის (WHO) კლასიფიკაციაში გამოყოფილია როგორც ცალკე კატეგორია არასახარბიელო პროგნოზით და მოითხოვს განსხვავებული, ინტენსიური თერაპიული სქემის გამოყენებას.

FISH მეთოდი, „break-apart“ ტიპის ზონდით, ითვლება BCL6 რეარანჟირების გამოსავლენად „ოქროს სტანდარტად“ - განსაკუთრებით მაშინ, როცა პარტნიორი გენი მრავალფეროვანია (IGH, IGL, IGK, ან არაიმუნოგლობულინური გენები), რაც სპეციფიკური dual-fusion ზონდის მიდგომას აძნელებს.

BCOR-CCNB3-ის ტრანსლოკაციის განსაზღვრა ქსოვილში ფლუორესცენტული in situ ჰიბრიდიზაციის (FISH) მეთოდით არის ციტოგენეტიკური კვლევა, რომელიც გამოიყენება BCOR გენის (მდებარეობა Xp11.4) რეარანჟირების, კონკრეტულად - BCOR::CCNB3 გენური შერწყმის - გამოვლენის მიზნით სიმსივნურ ქსოვილში.

BCOR::CCNB3 შერწყმა არის შედარებით ახლახან იდენტიფიცირებული მოლეკულური ცვლილება, გამოწვეული X ქრომოსომაზე პარაცენტრული ინვერსიით, რომელიც აერთიანებს BCOR გენს CCNB3 გენთან (ციკლინი B3). ეს შერწყმა განსაზღვრავს კონკრეტულ სიმსივნურ ნოზოლოგიას - „BCOR-ის რეარანჟირებად სარკომას“ (BCOR-rearranged sarcoma, BRS) ან „BCOR::CCNB3 სარკომას“ - რომელიც ჯანდაცვის მსოფლიო ორგანიზაციის (WHO) კლასიფიკაციაში გამოყოფილია, როგორც არადიფერენცირებული მრგვალუჯრედოვანი ძვლისა და რბილი ქსოვილების სარკომების კონკრეტული ქვეტიპი.

BCOR::CCNB3 სარკომა უპირატესად გვხვდება მოზარდი ბიჭების ან ახალგაზრდა მამრობითი სქესის პირთა ძვალში (განსაკუთრებით, გრძელ ძვლებში, მენჯში ან პარასპინალურ არეში), თუმცა შესაძლოა გამოვლინდეს რბილ ქსოვილებშიც. ჰისტოლოგიურად, სიმსივნე შედგება მცირე მრგვალი ან თითისტარისებრი უჯრედებისგან, რომლებიც მორფოლოგიურად ევინგის სარკომას მოგვაგონებს, თუმცა განსხვავდება მისგან იმუნოჰისტოქიმიური და მოლეკულურ-გენეტიკური ნიშნებით.

BCOR::CCNB3 სარკომას ევინგის სარკომას ცნებას ისტორიულად უკავშირებდნენ და მკურნალობის ერთი და იმავე პროტოკოლებით მართავდნენ, თუმცა ბოლო წლების კვლევებმა აჩვენა, რომ ეს ცალკე გენეტიკური ერთეულია განსხვავებული გენური ექსპრესიის პროფილით, ბიოლოგიური ქცევით და, პოტენციურად, თერაპიული პასუხით.

FISH მეთოდი, BCOR გენის break-apart ზონდით, არის მოქნილი დიაგნოსტიკური მიდგომა, რომელიც ავლენს BCOR-ის რეარანჟირებას მიუხედავად პარტნიორი გენისა (BCOR::CCNB3, BCOR::MAML3 და სხვა). სპეციფიკური BCOR::CCNB3 შერწყმის დადასტურება საჭიროებს დამატებით RT-PCR-ს ან RNA-ს სეკვენირებას. კვლევა კრიტიკულია არადიფერენცირებული მრგვალუჯრედოვანი სარკომების დიფერენციალურ დიაგნოსტიკაში.

BRAF V600E გენის მუტაციის განსაზღვრა ქსოვილში PCR მეთოდით არის მოლეკულურ-გენეტიკური კვლევა, რომელიც გამოიყენება BRAF გენის კოდონ 600-ში (ეგზონი 15) V600E მუტაციის (c.1799T>A, p.V600E - ვალინის გლუტამინით ჩანაცვლება) გამოვლენის მიზნით სიმსივნურ ქსოვილში.

BRAF გენი კოდირებს სერინ-თრეონინ კინაზას, რომელიც არის RAS-RAF-MEK-ERK სასიგნალო კასკადის მნიშვნელოვანი კომპონენტი - ეს კასკადი აკონტროლებს უჯრედის პროლიფერაციას, დიფერენციაციასა და გადარჩენას. V600E მუტაცია იწვევს BRAF ცილის მუდმივ, ლიგანდ-დამოუკიდებელ აქტივაციას, რაც პათოლოგიური სიგნალის მუდმივ ტრანსდუქციას და უჯრედების პათოლოგიურ პროლიფერაციას იწვევს.

BRAF V600E მუტაცია გვხვდება რიგ ავთვისებიან სიმსივნეებში, კონკრეტულად: თმოვანუჯრედოვან ლეიკემიაში (HCL, ~100%), მელანომაში (~50%), ფარისებრი ჯირკვლის პაპილარულ კარცინომაში (~30-50%), კოლორექტულ კიბოში (~5-15%), ლანგერჰანსის უჯრედების ჰისტიოციტოზში (~38%), საკვერცხის დაბალი ხარისხის სეროზულ კარცინომაში (~15-35%), ფილტვის არაპატარაუჯრედოვან კიბოში (~3-5%) და ცენტრალური ნერვული სისტემის ზოგიერთ სიმსივნეში (პლეომორფული ქსანთოასტროციტომა, განგლიოგლიომა, პილოციტური ასტროციტომა).

BRAF V600E მუტაციის დადგენა კრიტიკულია სამიზნე თერაპიის შერჩევისთვის: BRAF-ის სპეციფიკური ინჰიბიტორები (ვემურაფენიბი, დაბრაფენიბი, ენკორაფენიბი), ჩვეულებრივ MEK-ის ინჰიბიტორებთან (ტრამეტინიბი, კობიმეტინიბი, ბინიმეტინიბი) კომბინაციაში, დამტკიცებული სამკურნალო ვარიანტებია მელანომის, ფილტვის, ფარისებრი ჯირკვლის და კოლორექტული კიბოს (EGFR-ის ინჰიბიტორთან, კონკრეტულად ცეტუქსიმაბთან ან პანიტუმუმაბთან კომბინაციაში) V600E-პოზიტიური ვარიანტების სამკურნალოდ.

კოლორექტულ კიბოში BRAF V600E მუტაცია ასოცირდება ცუდ პროგნოზთან, პროქსიმალურ ლოკალიზაციასთან, აგრესიულ ბიოლოგიურ ქცევასთან და EGFR-ის მონოკლონური ანტისხეულების მიმართ რეზისტენტობასთან. ის ასევე გამოიყენება სპორადული და ლინჩის სინდრომული MSI-H კოლორექტული კიბოს დიფერენცირებისთვის - BRAF V600E მუტაცია პრაქტიკულად გამორიცხავს ლინჩის სინდრომს.

B-ლიმფოციტების კლონურობის განსაზღვრა ქსოვილში არის მოლეკულური კვლევა, რომელიც განსაზღვრავს იმუნოგლობულინის მძიმე (IGH) და/ან მსუბუქი (IGK, უფრო იშვიათად - IGL) ჯაჭვის გენების რეარანჟირების კლონურ ხასიათს ლიმფოიდურ ინფილტრატში.

ნორმაში, B-ლიმფოციტების პოპულაცია არის პოლიკლონური - თითოეული ინდივიდუალური B-ლიმფოციტი გამოხატავს იმუნოგლობულინის უნიკალურ, სპეციფიკურ V(D)J რეარანჟირებას. თუ ინფილტრატში იდენტიფიცირდება ერთი ან რამდენიმე დომინანტური კლონი ერთი და იმავე IGH ან IGK რეარანჟირებით - ეს მიუთითებს კლონურ პროლიფერაციაზე და შეესაბამება B-უჯრედოვან ლიმფოპროლიფერაციულ დაავადებას (ლიმფომას).

კვლევა ჩვეულებრივ ტარდება BIOMED-2 პროტოკოლის სტანდარტიზებული პრაიმერების გამოყენებით, რომელიც მოიცავს IGH-ის VHFR1-JH, VHFR2-JH, VHFR3-JH რეაქციებს და IGK-ის VK-JK, VK-Kde, JKCK-Kde რეაქციებს. ერთობლივი IGH + IGK ტესტირება იძლევა ~95-98% მგრძნობელობას B-უჯრედოვანი ლიმფომების უმეტესობაში. IGK ტესტი განსაკუთრებით ღირებულია გერმინალურ ცენტრიდან წარმოშობილ B-უჯრედოვან სიმსივნეებში (ფოლიკულური ლიმფომა, DLBCL), სადაც IGH-ის სომატური ჰიპერმუტაცია პრაიმერების შებმას აძნელებს და ცრუ უარყოფითი IGH შედეგები გვხვდება.

კვლევა არის დამხმარე დიაგნოსტიკური ინსტრუმენტი მორფოლოგიური და იმუნოჰისტოქიმიური კვლევის გვერდით და გამოიყენება რეაქტიული ლიმფოპროლიფერაციული პროლიფერაციისა (ჰიპერპლაზია, ატიპიური ლიმფოპროლიფერაციული ინფილტრატი) და ლიმფომას შორის დიფერენციალური დიაგნოსტიკისთვის, განსაკუთრებით მაშინ, როდესაც კლინიკური, ჰისტოლოგიური და იმუნოფენოტიპური მონაცემები არადამაჯერებელია.

HER2-ის (ERBB2) ამპლიფიკაციის განსაზღვრა in situ ჰიბრიდიზაციის (ISH) მეთოდით არის მოლეკულურ-პათოლოგიური კვლევა, რომელიც ქსოვილის სექციაში პირდაპირ ითვლის HER2 გენის ასლების რაოდენობას ნეოპლაზიურ უჯრედებში.

HER2 (ადამიანის ეპიდერმული ზრდის ფაქტორის რეცეპტორი 2) არის პროტოონკოგენი, რომელიც აკონტროლებს უჯრედის ზრდასა და გაყოფას. მისი გენური ამპლიფიკაცია იწვევს HER2 ცილის ჰიპერექსპრესიას უჯრედის ზედაპირზე, რაც ასტიმულირებს სიმსივნის აგრესიულ ზრდას. HER2-ის ამპლიფიკაცია ვლინდება ძუძუს კიბოს შემთხვევათა დაახლოებით 15%-ში, ასევე კუჭისა და გასტროეზოფაგური შესაყარის ადენოკარცინომების ნაწილში.

In situ ჰიბრიდიზაცია (ISH/FISH) გამოიყენება HER2 სტატუსის ვალიდაციისთვის მაშინ, როცა იმუნოჰისტოქიმიური (IHC) კვლევის შედეგი ორაზროვანია (2+). კვლევა კრიტიკულად მნიშვნელოვანია ანტი-HER2 სამიზნე თერაპიის (მაგ., ტრასტუზუმაბის) დანიშვნისთვის, რომელიც ეფექტიანია მხოლოდ HER2-დადებითი სიმსივნეების დროს.